در GeoGebra، وقتی که روی چندین شیء کلیک شده باشد، با كليك روي لایهها میتوان كليه ي اشياء را انتخاب و جا به جا كرد.
ابتدا تمام اشیاء در لایه
ی 0 که لایه ی زمینه ی صفحه ترسیم میباشد،
قرارمیگیرند. در مجموع 10 لایه وجود دارد (اعداد 0 تا 9).
لایههایی با شماره ي لايه ي بیش تر، بالای
لایههایی با شماره ی کمتر قرار دارند.
برای تغییر شماره ی لایه، روی شیء کلیک کرده در پنجره ویژگیها، بخش " پیشرفته " شماره ی لایه را تغییر دهید. (لایههای موجود از 0 تا 9) با تغییر شماره ی لایه ی یک شیء، شماره ی لایه ی آن شیء دیگر 0 نیست. (مثال لایه 3) پس تمام اشیاء جدید، با لایه ای با شماره ی بیش تر رسم خواهند شد.
تذکر: با انتخاب یک شیء در یک لایه، میتوانید تمام اشیاء موجود در همان لایه را انتخاب کنید. از منوی " ویرایش" گزینه ی " انتخاب لايه جاری " را انتخاب کنید. (کلید میان بر Ctrl+Ll) . این گزینه زمانی در دسترس است که اشیاء انتخابی در یک لایه باشند
استفاده بیشتر از لایهها:
برای خروجی SVGاشیایی که در یک لایه هستند.
برای اپلت GeoGebra، لایهها در بكارگيري جاوا اسكريپت هم تنظیم میشوند.